Система Mathpar дозволяє створювати свої процедури та функції. Для цього використовується команда procedure. Після команди вказується ім'я процедури та у фігурних дужках описується сама процедура.
Система Mathpar дає можливість використовувати оператори розгалуження та циклів.
if () { } else { } — оператор розгалуження;
while () { } — оператор циклу з передумовою;
for ( ; ; ) { } — оператор циклу з лічильником.